エコタイプとは同じ種に属しながら、異なる環境に適応して遺伝的分化を遂げたもののことであり、生物多様性を生み出す供給源となる。日本列島の山岳地域に広く分布する高山植物ミヤマキンバイには、異なるハビタットに適応した２つのエコタイプ（風衝地型と雪田型）が存在する。高山帯は天空の島々とも呼ばれるように孤立性が明確な生態系であり、系統地理学的なエコタイプ分化パターンを明らかにすることで、種内のそれぞれの分集団が辿ってきた歴史を理解しようと試みた。

ミヤマキンバイの風衝地型は本州中部から東北・北海道まで広く分布するが、雪田型は本州中部または北海道の日本海側に分布が限られている。葉緑体DNAおよびAFLPを用いた系統解析の結果、北海道と本州中部における独立的なエコタイプの分化が明らかになった。日本産高山植物の多くの種では、本州中部と東北・北海道の間で系統が大きく分化していることが知られており、高山植物群集に共通する過去の分布変遷の歴史がミヤマキンバイにおける独立的なエコタイプ分化パターンにも反映されていると考えられる。さらに各々の山岳スケール（たとえば本州中部の北アルプスや中央アルプスなど）内のエコタイプの系統関係を検討した結果、各山岳域においてエコタイプの分化が多発的に生じていることが示唆された。野外では、開花フェノロジーの異相によってエコタイプ間の交配前隔離が生じており、側所的なエコタイプの分化の可能性について考察する。