カジカ大卵型は日本の本州，四国，九州の山間部河川に広く分布する普通種であったが，近年では半数以上の自治体でレッドリストに挙げられており，本種の保護・管理対策が急務となっている．そこで本研究は，ミトコンドリアDNA（mtDNA）塩基配列データに基づく遺伝的集団構造解析を通じて，彼らの保全上の管理単位を抽出することを目的とした．

2008年6月に長野県上田市付近の千曲川水系3支流（浦野川，神川，依田川）の7調査地から採取した175個体と，同年9月に近隣他水系（天竜川）から採取した12個体の計187個体を分析に用いた．PCR法によりmtDNA調節領域前半を増幅し，　500bpの塩基配列を決定した．各標本集団内の多様度の指標として， ハプロタイプ多様度（h）と塩基多様度（π）を算出した．標本集団間の遺伝的分化の程度はペアワイズFst値を用いて評価した．

千曲川水系の7標本集団から8つのハプロタイプが，天竜川標本集団から3つのハプロタイプがそれぞれ検出された．千曲川の各標本集団は，天竜川の標本集団よりもhとπの値がいずれも低かった．最も優占的なハプロタイプは全体の47.6％を占め，千曲川の5標本集団から検出されたが，天竜川の集団からは確認されなかった．千曲川のほぼ全ての標本集団と天竜川の標本集団との間のFst値は大きく有意であった．また，千曲川水系内の標本集団の比較では，神川と浦野川，および神川と依田川の間で，異なる標本集団間のすべての比較においてFst値が大きく有意であった．さらに，神川と依田川では，各支流内の標本集団間でもFst値は大きく有意であった．本発表では，階層クレード分析の結果も踏まえ，カジカ大卵型の集団の保全に望ましい管理単位について考察する．