適応放散は生物多様性を創出する主要過程であるが、その背景にある遺伝機構については殆ど明らかになっていない。トゲウオ科魚類のイトヨは、約200万年以内に急速な多様化を遂げた小型魚類であり適応放散研究の格好の材料として注目されてきた。近年になって遺伝ツールが整備されてきたことから、生態学と遺伝学をつなぐことのできるモデル動物としても注目されつつある。近年、我々を含む複数のグループによって、ゲノムレベルでのQTL解析やアソシエーションマッピングが行われ、いくつかの例では、トランスジェニックイトヨを用いて適応遺伝子の実体解明にまで至ったものもある。一旦遺伝子が同定できると、適応遺伝子のアリル頻度の挙動を野外で観察したり、適応遺伝子にかかる自然選択圧を推定したりすることが可能となる。遺伝子の特定が困難な場合にも、適応進化や生殖隔離に関わる遺伝子の数や効果、染色体上の位置を明らかにすることが可能であり、これらの要因は全て表現型進化や種分化の速度等に影響を与えるものであることから、イトヨ個体群の将来について予測する上で必須の情報を蓄積しつつあると言えるであろう。本発表では、トゲウオ科魚類における適応進化と種分化の遺伝基盤に関する研究成果について報告するとともに、この過程で活用されたゲノムツール（マイクロサテライトマーカー、SNPアレイ、ゲノムシークエンスデータベース、トランスジェニック法など）を紹介する。さらに、次世代シークエンサーを用いた進行中のプロジェクトについても紹介する。生態学者が如何にして、種分化や適応進化といった野外生物の「面白い」生態現象について、遺伝ツールを援用しながら理解を深めていけるかについて議論したい。