微生物は生命誕生の起源であり、生態系において分解、寄生、相利共生などユニークな役割を担っている。また、生態系の物質循環を駆動する役割と、植物や動物との相互作用を通じて、生態系の構造や機能、また生態系における生物多様性の創出・維持に深く関わっている。微生物生態学では、それら微生物の群集組成や遺伝的構造、機能を理解しようと、様々な技術を開発・応用し、発展してきた。

近年、生態学研究のなかに分子生物学的手法が浸透し、微生物を考慮に入れて物質循環や生物間相互作用を解析するケースが増えている。また、進化や競争など生態学の一般理論を構築する際のモデル生物としても微生物は活用されている。このように微生物の解析事例が増加している一方、生態学者が微生物の持つ特性を踏まえ分子生物学的手法の適用可能性と限界を十分に理解しているとは言えない。

本企画では、微生物生態学者からクローニングやDGGEなど一般的な手法からStable Isotope Probing(安定同位体プロービング)法や網羅的遺伝子発現解析など最新の方法まで、様々な解析方法について情報提供していただく。同時に、培養や観察など、分子生物学的手法と併用して用いられるべき古典的手法の重要性についても言及していただく。それら解析方法の長所と短所を解説し、手法の限界に基づいて応用・適用可能性を展望することを目的とする。