ヌマムツNipponocypris sieboldii（コイ科，以下本種）は，従来，カワムツA型として扱われてきたが，2003年に独立種とされた．本種は主として西日本に分布し，大阪府RDBでは絶滅危惧Ⅰ類にランクされている．本研究では，本種の保全のための基礎的な知見を得るため，野外調査と採集を行い，得られた個体を用いてDNA解析を行った．調査は2011年3月～2012年12月に，大阪府および周辺府県の河川で，主としてすくい採りによって行った．その結果，大阪府4水系8カ所，京都府2水系2カ所，兵庫県2水系2カ所，滋賀県1水系2カ所，奈良，和歌山，三重，福井，岡山，徳島，香川各県1水系1カ所において本種の生息を確認した．遺伝子解析は，大阪府産83個体と他府県産91個体からDNAを抽出し，ミトコンドリアDNAのCyt b領域（1,152bp）の配列を決定して比較した．その結果，29塩基対に変異が認められ，全体で23ハプロタイプ，大阪府のみでは18ハプロタイプが，それぞれ確認された．河川や支流ごとに固有の変異が認められ，異なる水系間では分化が大きい傾向が認められた．また，支流ごとに遺伝的な分化が見られた地点もあり，遺伝的交流の範囲は比較的狭いことが示唆された．さらに，本種の個体群動態を明らかにするために，大阪府南部の石津川支流において，2012年5月～2013年1月に原則として2週間に1回，蛍光イラストマー標識を用いた標識再捕獲調査を行った．16回の調査で計616個体に標識し，再捕獲は約8カ月にわたってのべ167回であった．捕獲個体の平均体長は初夏から秋にかけて増加し，冬はほとんど変化しない傾向が認められた．