平行進化は適応進化の強力な証拠であり，表現型進化研究のフレームワークとして価値が高い．しかし，まずそのような進化が疑われる各集団が祖先集団から独立に生じたことが示される必要がある．琉球列島に生息する淡水性のハゼ科魚類であるキバラヨシノボリ（キバラ）は，滝の生成によって近縁なクロヨシノボリ（クロ）が陸封化されることで生じたと推察され，さらに近年のミトコンドリアDNAを用いた分子遺伝学的な解析により，沖縄県西表島の各河川の滝上に生息するキバラは，それぞれ独立にクロから分岐した可能性が示された．しかし，ミトコンドリアDNAは単一の遺伝子座の系譜を示すのみであることから，より正確で詳細な集団の歴史を明らかにするには核ゲノムの複数領域からの情報が必要である．そこで本研究では，核ゲノムの高感度な遺伝マーカーであるマイクロサテライトを用いて，西表島産のキバラの多起源性および西表島と沖縄島の間でのキバラの独立な進化について検証した．既存の7遺伝子座に加え，新規に12遺伝子座のマイクロサテライトマーカーを第二世代シーケンサーを用いて開発し，本州，沖縄島，西表島より得られた計595個体について，計19領域の遺伝子型を決定した．その結果，島内のスケールではキバラ集団間の明瞭な遺伝的分化およびクロとの生殖隔離が明らかになったが，多起源性を積極的に支持する証拠は得られなかった．一方，島間のスケールにおいてはキバラ集団の多起源性は強く支持され，両島，また異なる水系のキバラにおいて，類似した表現型が独立に進化していることが示唆された．クロとキバラの隔離年代は，西表島よりも沖縄島で新しいと推察された．