モニタリングサイト1000沿岸域調査は2008年から開始され、磯、アマモ場、藻場では各6サイト、干潟では8サイトで生物のモニタリングが継続されている。今後のモニタリングに向けた生物多様性の基礎情報を把握する目的で、2012年までに得られた5年間の成果を生態系毎にまとめた。

磯では、各サイトの岩温変化の特徴、出現種数や多様度指数の違い、サイト間の種組成の類似性が明らかにされた。干潟では、各サイトの底生動物群集の多様性と経年変動、サイト間の種組成の類似性が示された。アマモ場では、各サイトの海草類や底生動物群集の多様性と広域的・局所的空間変異、その時間的変動が明らかにされた。藻場では、各サイトの出現種数、褐藻類3目によるLFD指数と水温の関係、サイト間の種組成の類似性が示された。また、松川浦（干潟）、大槌（アマモ場）、志津川（藻場）のデータを用いて東北地方太平洋沖地震による津波が沿岸域に及ぼした影響を検証した結果、生態系タイプやサイト内の調査地点の違い等で影響が異なることが示唆された。このような検証を通して、生物多様性の変化の検出には長期的かつ定量的なモニタリングが極めて重要であることが確認された。