生物多様性の保全において、様々な生物種の生息域を把握することは非常に重要である。特に希少種の保全においてはその種が低密度で棲息していても、分布を把握する必要がある。また、在来種を捕食するあるいはその生息域を奪うなどして在来種を絶滅に追い込むこともある侵略的外来種の分布の把握も非常に重要である。近年水界生態系では、分布域の調査法として生体外に放出されたDNAである環境DNAを用いた手法が開発されている。しかし、その手法は現在1回の解析で1種のみの検出に留まっており、PCR試薬やサンプルDNAの消費量も多く、1つの環境DNAサンプルから多種の検出を行う上で様々な制約がある。そこで本研究では、1回の解析で複数種の対象種を同時に増幅することのできるマルチプレックスPCRを用いて、複数種の同時検出系を確立し、野外への適用を行った。同時検出系が確立すれば、様々な水域での複数の対象種の分布を推定でき、外来魚の駆除や在来魚の保全に対して速やかな対応をとることが可能となる。日本に侵入してから在来魚の存続に深刻な影響を与えていると言われているサンフィッシュ科の侵略的外来魚であるブルーギル(Lepomis macrochirus)、オオクチバス(Micropterus salmoides)、コクチバス(Micropterus dolomieu)および環境省レッドリストに掲載されている在来希少種であるカワバタモロコ(Hemigrammocypris rasborella)、ミナミメダカ(Oryzias latipes)、ドジョウ(Misgurnus anguillicaudatus)を対象種とした。本研究では、外来種3種および在来種3種の同時検出法を確立させ、100地点で野外調査を行い、外来魚3種および在来魚3種の分布推定を行った結果を報告する。