水生生物の正確な分布の把握は水域生態系の保全の為に不可欠である。これまでの分布調査では目視や直接の採集などが手法として採用されてきたが、広域調査や長期モニタリングを行う場合には時間や労力がかかる上に、調査者の技術的な違いから生じる誤差を調整してデータを統合することが困難とされてきた。近年、分布調査の新しい手法として環境DNA法が注目を浴びている。環境DNA法は環境水中に含まれるDNAを回収・分析することにより生息する魚類の種の検出が可能で、閉鎖的な環境であれば更に生息量の推定も行いうる手法として期待されている。本研究では環境DNA法を水産重要種であるアユに適用し、流水環境である河川内での移動分散と生息量の推定を試みた。調査は遡上量や放流量が詳細に記録されている愛知県・矢作川で実施し、季節的なアユの遡上のモニタリングを行うと同時に、生息量とDNA量との関係性について検討した。環境DNAは河川内での希釈や、試料水運搬中の分解によってその量が変化するため、温度依存的な環境DNA量の時間変化や河川内での希釈を考慮するために各種補正を行うことで生息量と環境DNA量との相関関係の向上を試みた。結果、河川流量等のデータによって各種補正を行うことで相関が強くなる傾向がみられたものの、有意な相関関係は得られなかった。現時点では環境DNA法によって流水環境に生息する生物の生息量を推定するのは困難であると考えられる。一方で、初春から始まるアユの遡上に伴う分散は明瞭に追跡可能であった。今後は流水環境での生息量の推定を可能にするべく、未だ解明されていないDNA拡散や水中での動態、減耗原因など、より詳細な基礎的知見を積み重ねることが課題として挙げられる。