琉球列島には多種多様な植物種が生息しており、島嶼間での地理的隔離や島内での局所環境への適応により、植物種の遺伝的変異の形成と維持が行われていることが予想される。本研究の対象である、熱帯・亜熱帯域に出現するアカネ科ボチョウジ属Psychotriaは、日本周辺からは5種が報告されており、そのうちシラタマカズラ（P. serpens）・ボチョウジ（P. rubra）・ナガミボチョウジ（P. manillensis）の3種が琉球列島に分布している。ボチョウジ属は熱帯起源であると考えられること、性表現進化の研究が進んでいること、琉球列島に広く分布していること、形態的にも近縁であるボチョウジ・ナガミボチョウジは、土壌pHの異なる環境に適応して棲み分けていることなどから、島嶼間での交流制限や亜熱帯地域における環境要因が、植物種の遺伝的変異の創出・維持にどのように寄与しているのかを解明する上でも興味深い対象である。本研究では、日本周辺の複数種及び複数地点から得られた集団サンプルを用いて、葉緑体及び核DNAの部分塩基配列を用いた種間及び種内の遺伝的多型の概要を把握することを試みた。現時点では、約20種類のプライマーセットを用いて、変異解析に有効なプライマーセットを絞り込んだ。また、ニューカレドニア産の1種であるP. gabriellaeでは、比較的規模の大きい遺伝子データベースが公開されているため、そのデータベースを活用したマーカー作成も試みた。今回の発表では、本研究における現時点での進行状況及び今後の方向性について報告する。