横浜ホタルの会」から頂いた旭、富士、瀬上産のゲンジボタルと円満山、旭産のヘイケボタルの遺伝子を用いて、遺伝的多様性があるかどうかを調べることになった。

調査方法は、遺伝子を抽出し、プライマーの組み合わせを調べるため、各ホタルのDNAにプライマー9＋1~8（タカラバイオ株式会社製）のうち一つを入れ、遺伝子を複製した。その後、どのプライマーの組み合わせなのかを調べるため、電気泳動を行い、DNAの精製を行い、MEGAというソフトウェアを用いて塩基配列を特定し、各ホタルの遺伝子の系統樹を作成した。

その結果、2地区で採集されたヘイケボタル両種のプライマーの組み合わせがプライマー1＋プライマー2となった。一方、ゲンジボタルについては瀬上産のプライマーの組み合わせは4＋9であるのに対し、富士産のプライマーの組み合わせは2，3，7，8＋9であることが確認された。

また、プライマー1＋2配列はどの位置にヒットしたかを調べるために、塩基配列の相同性検索を行った。その結果、ミトコンドリアエンコードNADH デヒドロゲナーゼ サブユニット5であることが判明した。なお、ゲンジボタルの配列の増幅はいまのところ不明である。