近年、水棲生物のモニタリング手法として、生物由来のDNA断片を水試料から検出して生物を同定もしくは定量する、環境DNA(以下eDNA)分析が注目されている。eDNA分析には一般的にリアルタイムPCR(以下qPCR)が用いられているが、新たなeDNA分析手法としてデジタルPCR法(以下dPCR)が期待されている。検量線を必要とせず、DNAが低濃度な試料に対しても検出力・定量性に優れ、PCR阻害物質の影響も受けにくいとされている。しかし、野外試料への適用例は少なく、どの程度の検出率と精度があるかが明らかではない。本研究では、溜池のようなPCR阻害物質が多く含まれると考えられる水試料をqPCR及びdPCRで分析し、検出率と精度を比較した。

ブルーギルの生息が確認されている溜池で採水を行った。20Lタンクに採水し、十分に撹拌した後、採水パックに0.1•0.5•1.0•2.0•4.0(L)の水をそれぞれ移し、濾過•抽出を行った。獲得した試料はブルーギルを対象とし、qPCR及びdPCRを用い分析を行ったところ、両手法とも高い検出率を示し、濾過量に比例して定量されたDNAコピー数が増える正の関係が見られた。次に、濾過量に依存したPCR阻害の効果を検討するため、各濾過量のDNA試料に対し、溜池にはいないスズキの精製DNAを内部標準として既知量添加し、qPCR及びdPCRを用いて定量を行った。結果、定量されたDNAコピー数には濾過量の違いによる有意な差は見られなかったが、CV値で両手法を比較したところ、dPCRの方が低い値を示した。これらの結果から、dPCRの方がより高い精度でDNAを定量できる手法である可能性が示唆された。