生殖的隔離機構が生じる遺伝的メカニズムについては、Dobzhansky-Muller モデルで示されたように遺伝的要素間の不適合に起因することが古くから概念化されている。このような不適合性の生起には、自然選択が関与している場合としていない場合があるが、生殖的隔離に寄与する遺伝子が同定されたケースの多くで、アミノ酸の置換速度が速いなど、正の自然選択が関与した痕跡が見られる。特にショウジョウバエでは速い進化の原因として、ゲノム内コンフリクトから生じる強い正の自然選択の関与が多く報告されているが、これは不適合遺伝子の探索方法のせいである可能性もある。私は、環境適応による自然選択が不適合性の生起に関与するケースがもう少し頻繁に存在するのではないか、また初期種分化に関与するのは、遺伝子発現の変化である場合が多いのではないかと考えている。このことをふまえ、遺伝学的研究に最適なモデル生物であるキイロショウジョウバエを用いて、環境適応に関わる形質の種内変異に着目し、その遺伝的基盤及び、それが遺伝的不適合を生起させるポテンシャルを明らかにする研究を進めている。具体的には、適応的形質であると考えられる成虫体色変異の原因となるメラニン生合成系のebony 遺伝子について、その発現変異に関わるシス発現制御領域のDNA塩基配列解析を行っている。この遺伝子は、グリア細胞でも発現しており行動にも関与していることが知られている。解析結果から、ebony 遺伝子のシス制御領域には、表皮とグリアと両方の発現を変化させるシス制御領域の種内変異が存在することが明らかとなった。このような多面発現する遺伝子の発現変化をもたらすような自然選択は、別の形質に対する副次的影響から遺伝的不適合を生じさせるポテンシャルがあると考えられる。このような遺伝子の異なる組織での発現制御機構の進化についても考察する。