コケ植物は他の生物群と比較して保全生態学的研究が著しく遅れている．しかし，国内では多くの種が絶滅危惧種に指定されており，すみやか各種の保全策を検討する必要がある．絶滅危惧コケ植物の中には無性生殖のみで個体群を維持している種や，生育地が分断され個体群が孤立している種が多く存在するため，遺伝子レベルでの多様性を考慮した保全策の検討が望まれる．本研究では無性生殖のみを行い，生育が石灰岩上に制限されているために不連続な分布を示す絶滅危惧コケ植物シナノセンボンゴケを対象に，遺伝的多様性を明らかにし，優先的に保全すべき個体群を選定することを目的とした．ヨーロッパの産地を含む10地点でシナノセンボンゴケの標本を採集し，同属内の他種（4種）とともに葉緑体rbcL，遺伝子間領域trnL–Fおよび核ITS領域を対象に遺伝子解析を行った．この結果，葉緑体rbcL及びtrnL–Fでは同属内の他種では種内に多型が検出できたが，シナノセンボンゴケは国内外のすべての標本で塩基配列が一致した．一方で，核ITS領域ではシナノセンボンゴケを含む全ての種で個体群毎に異なるハプロタイプが検出され，核ITS領域を用いたネットワーク解析から，国内に生育するシナノセンボンゴケは2つの系統（日本海側・太平洋側）に大別された．太平洋側に生育するグループはヨーロッパの個体群と関連性が示唆されたが，日本海側の個体群は国内に固有のハプロタイプを有する可能性が高く，保全上重要であることが考えられる．また，シナノセンボンゴケは国内において個体群間の移動は見られず，無性芽は個体群の同所的な存続に寄与している可能性が示唆された．