種分化のプロセスを探求する上で，その背景にある集団動態の歴史を明らかにすることは重要である．生殖隔離が十分に発達していない段階では，分化中の集団間で遺伝子流動が起こり，集団動態が複雑化しうるため，その推定は比較的難しい．近年では遺伝データの取得コストの低下と解析手法の発達により，遺伝子流動を含む種分化の複雑な集団動態を，詳細に推定することが可能になってきた．琉球列島にはハゼ科の淡水魚で，生活史の中で河川と海を行き来するクロヨシノボリ（回遊性種）と，河川に留まるキバラヨシノボリ（淡水性種）が分布する．これまでの研究から，この回遊性種と淡水性種の間の適応進化をともなう分化が，基本的に島ごとに独立に進行してきたことが少数の遺伝子座から示唆されていた．しかし，各島における両種間の分化の時間スケール、および遺伝的交流の有無やその程度は分かっていない．そこで本研究ではRAD-seqにより得られたSNPデータを用い，回遊性種と淡水性種の種分化過程における集団動態の歴史の推定を試みた．琉球列島の3島に分布する両種について解析し，計6集団116個体から１万座以上のSNP情報を得た．アリル頻度スペクトル分析によるモデル選択から，各島での種分化は，遺伝子流動を伴っていたことが支持された．分岐年代は推定値のばらつきが大きいものの，おおよそ数十万年のスケールであることが示唆された．遺伝子流動量は，世代あたり約0.05–0.75個体相当と推定された．また２つの島では種間の移動個体数は概ね等しかったが，もう１つの島では淡水性種から回遊性種への移動量が数倍多いと推定され，島間で集団動態の歴史が異なる可能性が示唆された．今後は解析する集団を増やし，種分化の集団動態に影響を与える要因を検証する必要がある．