アリアケスジシマドジョウは、佐賀県、福岡県、熊本県の有明海に流入する河川のみに分布する九州固有種であり、その生息地は、流れのある恒久的水域と、連絡の良い一時的水域の要素を持つ水域に限られる。本種は2013年に公表された環境省第4次レッドリスト（汽水・淡水魚類）において絶滅危惧種ⅠB類に選定されており、近年の圃場整備の進行につれて、生息地や個体数の減少が報告されているにも関わらず、その生活史や繁殖生態に関しては未だに明らかになっていない。そこで本研究では、佐賀県佐賀市鍋島町蛎久地区の2地点において、標識再捕法による本種の生態調査を実施した。2015年11月から調査地において、網目約3mmのさで網を使用し、努力量60分の定量サンプリング調査と調査地の水深の測定を毎月1回実施した。捕獲した個体は、イラストマーで標識して個体識別するとともに、体長や性別、腹の太さ、成熟度合いなどを記録した後、放流した。標識再捕獲データはJolly-seber法で解析し、推測個体数などを算出した。体長45mm以下の個体は幼魚とみなした。定量調査による捕獲個体数は、夏季は低密度であり、冬季は高密度であった。また、7月中旬から幼魚が出現した。雌の腹部の太さは5月下旬から増加し始め、6月中旬から7月上旬にかけて減少した。調査地の水深は6月から7月にかけて深くなった。また、Jolly-seber法による解析の結果、生息個体数は地点1では1,000～2,000尾（2017年4月の圃場整備以前）、地点2では150～200尾と推定された。繁殖期前に標識した個体が繁殖期後の9月以降にも複数個体捕獲された。一連の結果から、本種の繁殖時期は6月中旬から7月上旬間であり、少なくとも一部の個体は2年間生存することが示唆された。