環境DNA（environmental DNA）分析を生物のモニタリングに用いる利点は、生物の形態学的な種同定が必要ないことや、メタバーコーディング法により１検体の水試料だけで多種を検出できる点にある。これまで湖沼やダム湖において、プランクトンの出現種や個体数のモニタリングが長期にわたり行われているが、この分類同定には、顕微鏡による形態的判別が一般的である。しかし、プランクトンは同一種であっても成長段階や季節的に形態が大きく異なることがあり、網羅的にプランクトンの出現種を把握するには専門知識と同定技術が必要となる。よって、データの客観性が担保されないことや同定の質を一定にできないという問題点がある。そこでプランクトンのモニタリングに、環境DNAの手法を用いることができれば、これらの問題を解決できると考えた。本研究は、既存のプライマーを用いた環境DNAメタバーコーディングによって、ため池（広島県内）や琵琶湖で採集されたプランクトン群集を明らかにできるか検討した。本研究の結果、環境DNA分析によるプランクトン種の把握は、プライマー間で同定精度が異なることがわかった。また用いるデータベースによって、解析結果が異なることがわかった。この違いは、プライマーのもつ特性（対象領域の違い、シーケンスの長さの違い）や、DNAデータベースの充実度によって生じると考えられる。本研究ではこれら解析上の問題点と、プランクトン解析のための環境DNAサンプリング手法についての問題点を詳らかにする。