国内産のドジョウには，遺伝的に大きく分化したmtDNA系統 (Type I系統・Type II系統) をもつ2種の存在が明らかにされている．記載種であるドジョウに相当するType II種は全国に分布しているのに対して，Type I種の生息情報は限られており，福井県中池見湿地において両種が同所的に分布していることが確認されているのみである．また，中部日本以東の一部の地域の集団では，両種の交雑によって生じる雌性発生二倍体クローンやそれから発生した三倍体 (以下，雌性発生魚) を含む集団が報告されている．これらの集団では両種のmtDNA系統が同所的に検出されるが，雌性発生魚の個体がもつmtDNA系統は全てType I系統とされている．しかし，それらの祖先となった集団は不明である．本研究では，雌性発生魚が発生する条件の解明に向けて，Type I種と雌性発生魚の生息を遺伝学的調査により探索した．
Type I種，雌性発生魚の探索には，mtDNAのType I系統がマーカーとなるため，Type I系統の検出報告の多い中部日本以東の地域を中心に20地点で284個体を採集した．mtDNA解析により全個体の系統判別を行ったところ，Type I系統は9地点の59個体から検出された．Type I系統をもつ個体の染色体構成を把握するため，核DNAの2領域 (RAG1，rnaseh2) を対象にPCR-RFLP解析を行った結果，2つの遺伝子座における遺伝子型は全て一致し，ホモ接合体 (Type I / Type I) 45個体，ヘテロ接合体 (Type I / Type II) 12個体，その他2個体であった．ホモ接合体が確認された4地点のうち1地点ではType II種との遺伝的交流が認められず中池見集団と同様に両種間の独立性が維持されている可能性がある．検出されたType I系統の塩基配列を決定し，類縁関係を精査したところ，ヘテロ接合体を示した12個体の遺伝子型は，既知の雌性発生魚の遺伝子型と同クレードに属した．雌性発生魚の発生にはType I種内の特定の集団が関わっていることが示唆された．今後，核DNAの情報からも起源を探って行く必要がある．