古琵琶湖層群からの貝類化石は、伊賀非海生軟体動物群Ⅰ、伊賀非海生軟体動物群Ⅱ、蒲生非海生軟体動物群）、堅田非海生軟体動物群Ⅰ、堅田非海生軟体動物群Ⅱに区分されている。各動物群のカワニナ・タニシ類化石は、琵琶湖固有種とその祖先種、日本列島から絶滅した種及び現生種からなっている。伊賀動物群ⅠのIgapaludina stricta，Bellamya suzukiiは、東海層群亀山層下部からも産出しおり、鮮新世には東は知多半島まで広がっていた。また、大分県安心院盆地の津房川層からのMargarya sp.は亀山層下部のCipangopaludina sp. に、Semisulcospira（Biwamelania) sp.は上野層のS.（B.) praemultigranosaに類似している。伊賀動物群ⅡのS.（B.) sp. AはS.（B.)  praemultigranosaから分化した。Tulotomoides属は古琵琶湖層群から2種知られ、別種が大分県の碩南層群判田層から報告された。堅田動物群ⅠのBiwamelania亜属は3絶滅種からなる。タニシ科は蒲生動物群に系統的に類縁性が高い“C. japonica”と、新たに“Heterogen longispira”が出現する。大分県の大山層からS.（B.) sp.が報告され、Biwamelania亜属は更新世中期まで九州にも存続していた。堅田動物群Ⅱにはカワニナ科（絶滅種2、現生種１）、タニシ科（現生種2）がいる。タニシ科のC. chinensis laeta, Bellamya quadrata、カワニナ科のS. (B.) kurodai, S. (S.) reiniana, S. (S.) libertinaの地史的分布は、古琵琶湖層群以外の地層と全国の貝塚・遺跡資料に基づき整理する。