環境DNA技術は近年急速に発展しつつある生態学ツールの一つである。本技術はこれまで、野生生物、特に水圏生物の在不在や生物量を推定する目的で使用されてきた。一方で生物相を網羅的に推定するメタバーコーディングと呼ばれる技術も進歩を遂げ、環境DNAとの融合により環境DNAメタバーコーディングという更に新しい技術へと昇華しつつある。
　ここでは野生生物の在不在や生物量、生物相推定に次ぐ第四の環境DNAアプリケーションとして、種内多型への応用可能性を議論する。種内多型を用いた解析には系群判定や遺伝的多様性評価、過去のボトルネックの検出など様々な可能性が含まれるが、これらの解析を現有の技術で実現するには各個体群から多数のDNA標本を収集する必要がある、という大きな問題が残されてきた。一方で環境DNA技術はその検出感度を高める目的で主にミトコンドリア由来のDNAをターゲットとしており、動物種の種内多型を解析するには識別能が限られている、という問題を抱えている。ただし環境水由来の環境DNAにおいて、果たして種内多型情報の比較的豊富な核DNAマーカーの解析が可能か、という検証は殆どなされてこなかった。本発表では生態学的にも社会的にも重要なシロザケ（Oncorhynchus keta）を用いてこの可能性を検証し、どのような条件下であればこの解析が可能となるのか、具体例を紹介しながら議論する。