近年、ダム下流における様々な環境改変に対して、全国各地で再生事業が行われている。この際に重要となるのは、多様な環境要因の中から、河川生物相の劣化を引き起こす要因を特定し、改善のターゲットとすることである。本研究では、魚類の生息密度を規定する環境要因の特定を目的として、広域要因（標高、勾配、流域面積）と局所要因（水理、水質、底質）を説明変数とした生息密度推定モデルを構築した。魚類調査および環境調査は木曽・揖斐・長良川水系106地点で行った。解析対象魚種は、ダム事業においてしばしば評価対象種となるアマゴ、イワナ、アカザ、アジメドジョウ、カジカの5種とした。解析の結果、遊泳魚（アマゴ、イワナ）と底生魚（アカザ、アジメドジョウ、カジカ）で影響の強い環境要因が大きく異なる結果となった。遊泳魚は水理・水質環境の影響が強く（標準化係数の絶対値が大きい）、底生魚は底質環境の影響が強い傾向がみられた。また、強い影響を示した各要因との関係性も種によって異なっていた。遊泳魚では、イワナはアマゴよりもより深く緩やかな水理環境で生息密度が高くなる傾向が確認された。底生魚では、アカザとカジカで河床材料が大きいほど生息密度が高くなる結果となった。一方で、アジメドジョウは砂利・小礫が多く、低水温下で生息密度が高くなる傾向がみられた。この生息密度推定モデルを適用することで、ダム下流における環境改変によって影響を受けやすい種の特定や改善時の効果検証に役立つことが期待される。