生物多様性の保全は，健全な生態系プロセスの維持まで含めなければならないが，具体的に評価可能な指標としては，生物多様性の構成要素である｢種｣を減らさないことであろう。その意味での生物多様性保全計画における３つの課題は，(1) ホットスポットの発見あるいは保全施策のギャップの発見，(2) ネットワークの構築，(3) 将来予測，シナリオ分析である。そして，これらの作業を助け，関係者間での合意を得るために役立つのが地図化である。ヨーロッパでは，伝統的にエコトープやバイオトープを分類する手法が採用され，EUのNatura2000などが知られる。一方，アメリカ合衆国では，GAP分析データベースに見るように種生育適地図を主とした方法を採用してきた。重要なエリアの検出のための地図化手法には，生物種の分布データに基づく方法と種データと環境情報を関連付ける方法があり，Margules & Sarkar (2007)は，(1) 生物分布図，(2) 群集データのクラスタリング，(3) 群集立地適地図，(4) 種生育適地図，(5) フィジオトープ地図，(6) 直感的地図に分類している。ホットスポットは分布図にもとづく，その場所の“かけがえのなさ”と，土地規制や利便性にもとづく場所の“もろさ”によって評価し，補完性と持続性が得られるように選択される。種の実際の分布でなく，生育適地やエコトープなどに基づく場合には希少種の分布を過大に推定し，必要な保護区を見落とす危険がある。また，フィジオトープやアンブレラ種を代理指標として用いる有効性にも消極的なデータが多い。ネットワークについては，コアとしての保護区を回廊等で結合するだけでなく，持続的利用エリアを広く設ける考え方が重視されつつある。将来予測には生育適地モデルが不可欠であるが，スケールの効果などに注意を払う必要がある。