次世代シーケンサーの発達とその利用コストの減少により、ゲノムワイドなSNP検出は、年々容易になってきている。次世代シーケンサーを用いたSNP検出のうち、有力な方法のひとつにrestriction-site associated DNA sequencing (RAD-seq)がある。RAD-seqとは、ゲノムを制限酵素により切断し、制限酵素認識部位の周辺配列のみをNGSでシーケンスする方法である。RAD-seqの利点の一つに、必ずしもレファレンスゲノムを必要としないことが挙げられる。そのため、利用可能な実験対象種は、遺伝学的な非モデル生物を含んだ広範な分類群にわたる。本研究では、既存のRAD-seqプロトコルを改良し、低コスト化、多検体化したRAD-seq法を開発し、さらにSNP検出結果をまとめるサマリー作成ツールを提供する。龍谷大学農学部では現在、このパイプラインを利用したRAD-seqの共同利用を募集しており、既に多くの生物種で、数十万の座位の配列を決定し、１万以上のSNP検出に成功している。発表ではRAD-seqの原理や費用などを紹介する。広くご利用いただき、様々な研究の一助となれば幸いである。