琵琶湖南湖湖底には水草（沈水植物）帯と底生ラン藻（サヤユレモ：Microseira wollei）帯があり、底生動物相の異なることもわかりつつある。底生動物は湖内の物質循環だけでなく、ユスリカが多い場合は成虫羽化による湖外への物質移送や陸上生態系への有機物供給（subsidy）も担っているため、植生に対応した底生動物相の把握が湖内外の生態系を保全する上で重要である。底生動物相の調査にはDNAバーコーディングを活用するのが望ましいため、本研究では南湖底生動物標本の形態的および分子系統的種区分（species delimitation）を行い、また、それと平行して種のDNAバーコード（種固有DNA塩基配列）を収集し、多様性の情報整備・解析を進めている。
　2017年初夏から季節に1回、琵琶湖南湖の水草帯・底生ラン藻帯各3地点、計6地点でEkman-Berge採泥器を用いて底生動物を各2回採集した。採集標本を形態観察あるいはミトコンドリアCO1領域DNA塩基配列の進化的種区分（General Mixed Yule Coalescent method）に基づいて分類した。地点別・採集回別の分類群組成を非計量多次元尺度法（non-metric multidimensional scaling : NMDS）にて類型区分した。
　これまでに、水草帯でユスリカ、底生ラン藻帯でミズムシ・ヨコエビの優占することがわかっている。底生ラン藻は摂食されにくいと考えられるため、あらたに食物連鎖解析を目的として、これら生物の炭素・窒素安定同定体比を分析した。その結果、底生ラン藻が底生動物に直接利用されているとは考えられなかった。北米五大湖域でも、底生ラン藻は底生動物・魚等に利用されにくいとの報告がある。それに比べれば水草帯は底生動物を介した物質の流れがより広範囲に及んでいるものと推測される。