近年、従来手法よりも迅速かつ低コストで生物相をモニタリングできる環境DNA解析が注目されている。両生類を対象にして環境DNA解析を適用した研究例は多くみられるが、両生類に含まれる有尾目、無尾目、無足目のすべてを網羅的に検出できる手法は確立されていない。本研究では、両生類を対象とした環境DNAメタバーコーディング手法を確立し、野外環境への適用と検証を行った。まず、ミトコンドリアDNA16SrRNA領域において両生類3目すべてに共通するユニバーサルプライマーを作成した。3目12種の組織DNAを使用してPCR増幅の確認を行った結果、全ての種のDNA増幅が確認された。次に野外環境への適用として、マダガスカル島から得られた水サンプルを用いて検証を行った。調査地の10地点のうち、従来手法では9地点、環境DNA解析では8地点でマダガスカルに生息する無尾目のDNAが検出された。環境DNA解析で検出された種のうち、もっとも多く検出された種はBoophis quasiboehmeiで、5地点から検出された。さらに、兵庫県六甲山周辺から得た20地点の水田サンプルへ適用した結果、環境DNA解析により、有尾目の在来種１種、無尾目の在来種4種および外来種1種、両目あわせて6種のDNAが検出された。環境DNA解析で検出された種のうち、もっとも多く検出された種はアマガエル（Hyla japonica）で、13地点から検出された。また、環境DNA解析により19地点で無尾目および有尾目の種のDNAが検出された。本研究では、環境DNAから両生類を網羅的に検出できるメタバーコーディング手法を確立し、野外への適用に成功した。本手法を用いることによって、さらなる研究の効率化が期待できる。