近年、人間活動の影響による生物多様性の減少が問題となっている。そのひとつに水田生物多様性があげられる。水田は食料生産の場となるだけでなく、さまざまな生物の生息場であることから、生物多様性の高い環境だといえる。 その中でも、水生コウチュウ目は、水田の管理方法や周囲の環境の違いによって種組成が異なることから、水田生物多様性における指標種となっている。従来の水生コウチュウ目の調査手法は、採集や種同定など、多大な労力と専門的な知識を必要とする。しかし、近年、より効率的な手法として環境DNA メタバーコーディング手法が多くの分類群で確立されており、本研究では水生コウチュウ目における環境DNAメタバーコーディング手法の確立を目的とした。まず、NCBIが提供するデータベース から、4科52種の水生コウチュウ目のシーケンスデータを収集し、ミトコンドリアDNAの16SrRNA領域の一部（増幅長約210bp）を含むようなユニバーサルプライマーを設計した。また、収集したデータに加えて、シーケンス解析を行い、塩基配列を決定した9科32種のデータもデータベース として使用した。最後に野外への適用として、水田3地点で採水および採集調査を実施し、採集された種とメタバーコーディングで検出された種の組成と比較した。本研究では、作成したユニバーサルプライマーを用いて、野外サンプルから水生コウチュウ目の環境DNAの検出に成功した。しかし、検出できた種は野外で採集されなかった種であり、採集された種の検出はできなかった。また、野外サンプルでは、カゲロウ類のようなコウチュウ目以外の種も検出されていたことから、今後、水生コウチュウ目をより効率的に検出できるような手法の改善を重ねる必要があると考えられる。