生物多様性の損失が大きな問題となっておりその保全や復元が課題となっている。そこで、環境中に生物から放出されたDNA（環境DNA）が長時間堆積物中に残存することから、過去の堆積物中に含まれる環境DNAを用いることで当時の生物相を復元できる可能性が考えられる。しかし、環境DNA分析手法は環境媒体として主に水を用いており、その有効性などは議論されているが、堆積物を環境媒体とした本手法については発展が遅れている。本研究ではその初期課題である検出法の改善を試みた。実際には、堆積物からの環境DNA検出において、使用するサンプル量・手法を変更することで検出される環境DNA量・魚類相が変化するのかを検討した。滋賀県の伊庭内湖で堆積物を採取し、そこに生息するオオクチバス（Micropterus salmoides）、ブルーギル（Lepomis macrochirus）、コイ（Cyprinus carpio）の3魚種を対象にReal-time PCR法により環境DNAを定量することで複数段階のサンプル量・抽出方法について検討を行った。サンプル量についてはこれまで行ってきた3gを基準とし、その2倍量、3倍量の堆積物を用いてサンプル間のDNA量や分散について比較した。抽出方法の改善についてはG2 DNA/RNA enhancer （以下G2、AMPLIQON社）を用いることで環境DNAの回収量が向上するかどうかを比較した。さらに、環境DNAメタバーコディング手法を用いて得られる魚類相の比較を行った。結果、堆積物サンプル量が増加することで環境DNAの収量は増加し、G2を用いることによりDNAの回収量は増加した。メタバーコーディングで検出される種組成にも変化が見られた。すなわち本研究では、堆積物サンプル量をこれまでの3倍に増加し、G2を使用することで堆積物から検出できる環境DNA量を増加させることに成功した。これは専用のキットによりサンプル量に制限のある堆積物からのDNA抽出にとって大きな進歩である。このように検出法を確立することで堆積物由来の環境DNAから多くの生物情報が得られると期待される。