相互に依存する生物の片方が絶滅したとき、もう一方も絶滅することが知られている。淡水域で起こる依存の例として、淡水二枚貝のイシガイ目が挙げられる。淡水魚であるタナゴ類はイシガイ目を産卵母貝とし、一方、イシガイ目の幼生は主にタナゴ類以外の魚類に寄生する必要がある。人間の活動による環境破壊のためにイシガイ目の生存は危機的な状況にある。イシガイ目の絶滅は、それに依存する多種の絶滅に直結している。これら絶滅が危惧される種を保全するために、イシガイ目の進化史を明らかにすることは最重要である。しかし、日本産イシガイ目の進化史に関する研究例は非常に少なく、系統関係と種多様化プロセスの大部分は未解明である。
　そこで本研究では、分子系統解析を行い、日本産イシガイ目の系統関係を明らかにするとともに、分岐年代推定を行い、日本列島侵入前後のイシガイ目の種多様化プロセスを解明することを目的とした。
　日本産イシガイ目全18種の塩基配列を決定し、また、日本に生息するものと同亜科でデータベースに登録されている塩基配列を広く用いて、16S rRNA遺伝子とCOI遺伝子の塩基配列に基づき系統樹を構築した。その結果、1）日本列島にのみ生息する12種は、ニセマツカサガイ、ヌマガイ、タガイ、マルドブガイを除き、それぞれがすべて単系統群を形成し独立して分化を遂げた、2）日本列島に分布するカワシンジュガイは、中国大陸よりも、北米大陸の種に近縁であり姉妹群を形成した、3）東アジアに広く分布するカラスガイとイシガイでは、日本産と大陸産の個体を遺伝的に区別することはできなかった。さらに、分岐年代推定を行った結果、現在東アジアに広く分布する種は日本列島形成前に大陸で分化したことが示唆され、一方、現在日本にのみ生息する種は、日本列島形成後に列島内で急速に分化したことが示唆された。