モリアオガエル(Rhacophorus arboreus)は、日本の固有種であり、本州および佐渡に生息している。本種は、形態や背面の模様に地理的な変異があることが知られている。東北集団は成体の背面には模様を持たず、東海集団は大型で背面に褐色の斑紋を持ち、近畿・中国集団は模様があるが東海集団より小型である、というように大きく3つに分類される（塩崎ら、未発表）。その結果、mtDNAでは①福島、②北関東・東北、③中国、④中国・近畿、⑤関東・東海のクレードに分かれた。SNPs のRAｘMLによる最尤法を用いた系統樹探索では、ｒ＝0.6（2536 SNPs, 753 segregating sites)で検討した結果、mtDNAと同様に大きく5つのクレードに分かれた。mtDNAでは④⑤がまとまったクレードを推定しており、形態で異なる東海と近畿集団の分化は明確ではなかったものの、SNPs による系統樹は形態と一致するものであった。また、SNPsでは福島の幼生サンプルとシュレーゲルアオガエルが東北集団からの分化（ブートストラップ値74%）が示された。これはDNA抽出の際のコンタミネーションと予測される。