Multiplexed ISSR genotyping by sequencing (MIG-seq) 法は、次世代シーケンサー (NGS: next-generation sequencer) を使ってゲノムワイドな配列情報を取得する新たな手法として注目されてきた。これまで、一塩基多型 (SNP: single nucleotide polymorphism) 情報から、集団遺伝学的解析、分子系統地理学的解析、分子系統学的解析などに用いられてきた。本手法は、多様な生物種を対象として、広範囲の研究に利用可能な反面、解析プロトコルの継続的な改良もあり、解析アプリケーションやその利用方法が、簡便な形で確立されているとは言い難かった。そこで、特に利用者の多いと考えられる分子系統学や集団遺伝学の初期解析のために、MIG-seq法を利用した分子系統樹作成までを支援するアプリケーションプロトタイプを開発した。このアプリケーションでは、1. Illumina社のMiSeq/iSeqシーケンサーデータのダウンロード、2. データのクオリティコントール、3. SNPの抽出、4.解析用データの出力、5. 分子系統樹の可視化、を実装することを目標として、プロトタイプでは2〜4の機能を実装した。複数の解析アプリケーションを連携させ、Webユーザーインターフェイスを備えることで、コマンド入力による解析に不慣れな研究者であっても容易に利用可能な操作性をもたせた。あわせて、MIG-seq法の改良に沿った標準的解析プロトコルを用意し、それらを選択することで、予備解析実施を可能とした。今後、1と5の機能実装も進め、データのダウンロードから、予備的解析結果出力までを統合的に支援するツールとして整備予定である。本研究は、農研機構生研支援センター「イノベーション創出強化研究推進事業」の支援を受けて遂行された。