集団内の体色や形態、行動などの形質にみられる遺伝的な多様性は、他個体との相互作用に影響を与える。その生態的帰結として、遺伝的背景が均一な集団よりも多様な集団の方が生産性などの生態的機能を非相加的に高めること（多様性効果）が示唆されている。しかし、数ある形質や遺伝子のうち、どの形質や遺伝子の多様さが多様性効果に貢献するのかはわかっていない。形質の表現型で網羅的にそれを検証することは現実的でないためだ。また、個体の形質変異と遺伝的変異を網羅的に比較し、その形質に貢献する遺伝子を探索する既存のGWASでは、集団の遺伝構造を考慮できず、その生態的機能に影響する遺伝子は探索できない。集団内の遺伝的変異の程度と生態的機能を関連させるには、ひとつの集団を構成する各個体の塩基配列情報が必要である。そこで本研究では、オオショウジョウバエ（Drosophila immigrans）を用いて、生態学的実験とフェノーム解析やトランスクリプトーム解析を組み合わせ、生態的機能に影響を与える形質と遺伝子を探索した。まず、ひとつの集団に由来する12個の近交系統を作成し、行動・形態・生活史に関連する約30個の形質について各系統の表現型を測定した。また、各系統から１個体を用いて、トランスクリプトーム解析を行ない、発現する遺伝子の塩基配列を解読した。形質ごとに、あるいは遺伝子ごとに２系統間の距離を算出したのちに、これらの系統から無作為に２つを選び、それぞれを単独で、または混合して、卵から成虫まで飼育した。この実験で、生態的機能の指標となる5つの集団特性を測定し、各組み合わせについて集団特性ごとに多様性効果（２つの単独集団の集団特性の平均値と混合集団での実測値の差）を算出したところ、さまざまな程度の多様性効果が見られた。本講演では、ここで推定された多様性効果に対するフェノームワイドとトランスクリプトームワイドな集団構造を考慮した関連解析の結果を報告したい。