形質/遺伝子に遺伝的な多様性を有する集団は、他個体との相互作用を介して、遺伝的に均一な集団よりも高い生産性や成長速度、生存率を示すことがある。多様性には生態的機能を非相加的に高める効果（正の多様性効果）が存在するのである。この生態的現象の多くは、いくつかの目立つ形質の種内多型で報告されてきた。一方、数ある遺伝子のうち一般的に、どの遺伝子の多様さが多様性効果に貢献するのかはわかっていない。なぜなら、そのような遺伝子を探索するには、集団内の遺伝的変異の程度とその集団の生産性の増減を関連させて解析する必要があり、その解析にはひとつの集団を構成する各個体の塩基配列情報が必要だからだ。これまでに、集団内の遺伝構造を考慮し、個体群過程に影響を与える遺伝子を探索する手法は確立されていない。本研究では、ゲノム情報が公開されているキイロショウジョウバエ（Drosophila melanogaster）系統を用いて、生態学的実験とゲノム解析を組み合わせ、集団の生産性に影響を与える遺伝子を探索した。まず、Drosophila Genetic Reference Panel系統のうちの23系統を用いて、それぞれ単独もしくは２系統を混合にした集団の生産性を測定した。このとき、実験環境は糖と酵母の量を変えた栄養条件を２通り用意している。この測定結果から生産性における多様性効果（単独集団の生産性の平均値と混合集団のそれの差）を評価したところ、正と負の多様性効果が見られた。さらに、低栄養条件でみられた多様性効果は高栄養条件よりも相対的に高かった。次に、データベースから各系統の全SNP情報を取得し、２系統を混合した集団内の塩基多様度を一定の塩基数の領域ごとに算出した。そのうえで、領域ごとの集団遺伝構造と集団レベルの特性（多様性効果）についての関連解析を行なったところ、各栄養条件で多様性効果の大小を説明しうる多数の遺伝的変異が検出された。これをもとに、個体群過程に影響を与える集団レベルの遺伝基盤について考察したい。