外来種の移入の歴史やその遺伝的多様性を把握することは、外来種管理の基礎資料となる。フィリマングース（以下、マングース）は、1910年に沖縄島に持ち込まれ、その後1979年ごろに奄美大島に導入された。鹿児島市喜入町周辺においても1979年からマングースの生息記録があり2009年に定着が確認されているが、その起源や遺伝的多様性は不明である。ミトコンドリアDNA（mtDNA）のチトクロームb遺伝子（Cytb）の部分配列を用いた先行研究により、沖縄、奄美、喜入の3集団全てが同種（Urva auropunctata）であることが分かっている。本研究では、マングースのmtDNA全長配列を決定することで日本に生息するマングースの系統関係を改めて整理するとともに、Cytbとマイクロサテライト17座を用いた全74個体の分析によって、日本におけるマングースの分散史解明を試みた。mtDNA全長配列を用いた系統解析の結果、日本に生息するマングースはUrva auropunctataに分類されることが再確認された。Cytbのハプロタイプは全てで2つ検出され、内１つが沖縄、奄美、喜入に、もう１つは奄美にのみ分布していた。両タイプの差は１塩基の置換によるものであり、どちらも日本のみで発見されたハプロタイプであった。マイクロサテライトマーカーを用いた解析の結果、PCoAでは沖縄と奄美集団が分けられ、喜入集団はその中間に位置していた。一方DAPCでは、3集団全てがはっきりと分けられた。STRUCTURE解析の結果、K＝2とK=3では、沖縄と奄美集団が分けられ、喜入集団は沖縄集団に比較的近い遺伝構造であることが示された。集団間の違いを示すFstの値からも、沖縄-喜入間が奄美-喜入間より遺伝的に近い傾向が見られた。以上の結果から、日本のマングース集団は、沖縄を母集団とし、奄美と喜入それぞれに移入されたことが示唆された。