日本国内で800種以上が報告されているカタツムリとは大きく異なり、日本のナメクジ類は10～30種、在来種のMeghimatium属に限ればわずか2種；ナメクジ（M. bilineatum）とヤマナメクジ（M. fruhstorferi）しか記載されていない。これは“殻”という安定的で多型性の高い形態的特徴を持たず、種同定が容易でないこともひとつの要因となっており、日本在来のナメクジ類に関しては多くの隠蔽種や未記載種の存在が指摘されている。それにも関わらず、ナメクジ類の分子系統学的な研究例は少なく、台湾や中国、香港の個体群を中心としたミトコンドリアDNA上のCOI遺伝子領域等の比較解析が１報存在するにとどまっている。この研究において日本産サンプルは上記のMeghimatium属２種に分類される一方で、サンプリングが九州や沖縄、その離島に限定されているなど、日本国内に広く分布する在来種の分類研究としては限定的である。さらに、国外のMeghimatium属ではミトコンドリアゲノムの構造変化が報告されており、日本国内においてもCOI遺伝子の局所的な配列だけでは検出できない種間変異が存在する可能性がある。そこで本研究は、日本在来ナメクジ類の分類基盤の充実を目的とし、ミトコンドリアDNAに基づく塩基配列レベル、ゲノム構造レベルでの分子系統解析を実施した。形態的特徴から在来種と同定されたサンプルを東北、関東、甲信越、北陸、近畿、四国、九州の各地域から収集し、Illumina社のMiSeq300bpペアドエンド解析から、サンプルあたり100Mbp程度の全ゲノムデータを取得した。この“浅く広い”シーケンスデータから、アセンブリツールであるGetOrganelleを通し、サンプルごとに全ミトコンドリアゲノムを構築した。得られたミトコンドリアゲノムは塩基配列レベル、構造レベルで既知のコンプリートゲノムと比較し、分子系統解析に利用した。ここでは日本在来ナメクジ類の形態学的判別の難しさ、また、これまで指摘されている2種の枠に収まらない可能性などについて紹介する。