湖沼における水位操作（低下）は、湖沼生態系のレジーム管理に有効な可能性があることが指摘されている。琵琶湖では1994年に観測史上最大規模の大渇水（最低水位：−123 cm B.S.L.）が発生し、その後、透明度に上昇傾向がみられた。しかし、大渇水が透明度の上昇を引き起こしたのか、それが単なる偶然のタイミングの一致なのか、未解明であった。そこで本研究では、計量経済学分野などで発展した、調査観察時系列データに適用するための因果推論手法の一種である合成コントロール法（Synthetic control methods）を用いて、琵琶湖の透明度上昇に対する大渇水の因果効果の推定を試みた。
　琵琶湖の透明度の長期観測時系列データに合成コントロール法を適用した結果、1994年の大渇水が北湖の透明度に有意な正の因果効果を与え、渇水後約1年間で透明度が平均1.7 m上昇したことが示された。同様に、1939年に生じた渇水（最低水位：−103 cm B.S.L.）も北湖の透明度上昇を引き起こしていたことがわかった。また、1984年の渇水時（最低水位：−95 cm B.S.L.）には透明度への有意な因果効果はみられなかった。一方、南湖では、北湖とは逆に1994年の大渇水は、短期的には透明度に有意な負の因果効果を与えていた。これらのことから、大渇水が透明度に与える影響は、水深等の湖沼環境、大渇水の規模やタイミングに依存することが示唆された。