昆虫は地球上で最も繁栄したグループであるが、海に適応した種はごく僅かである。アメンボ科ウミアメンボ亜科Halobates属は所属する全種が沿岸ないし外洋環境に適応している興味深い一群である。日本には沿岸性Halobates属としてウミアメンボ（以下、ウミ）とシロウミアメンボ（以下、シロウミ）が生息している。本研究では、日本に生息する沿岸性Halobates属の集団形成史の解明を目的として、25地点から採集した合計215個体について、形態情報および分子情報（ミトコンドリアCOI遺伝子680bp・核ITS1領域207bp及びEF1α遺伝子369bp）を取得し、系統解析を行った。形態計測の結果、全ての集団について、ウミ・シロウミのいずれかに分類された。分子系統解析の結果、核遺伝子を用いた解析では形態分類に対応した2クレードが認められた。一方、ミトコンドリアCOIを用いた解析では、2つのクレードが確認されたものの、形態分類とは一致せず、奄美大島以南（ウミ）と九州以北（ウミ・シロウミ）とに分岐した。これらの結果は以下の2つの可能性を示唆している；①2種の分布が近接する九州以北で、シロウミからウミへのミトコンドリアの浸透交雑が起こっている可能性、②ミトコンドリアのハプロタイプの祖先多型がウミで維持されている可能性である。さらなる系統地理学的解析を行った結果を加え、日本産沿岸性Halobates属の集団構造の形成プロセスを考察する。