哺乳類の多くは出生地にメスが留まり，オスが分散する傾向が知られ，多くのコウモリ種でも同様の傾向が観察されている．ヒナコウモリVespertilio sinensisは長距離の飛翔が可能な翼形態を持ち，夏と冬のねぐら間を季節的に移動すると考えられている．しかし，移動または分散パターンが性によって異なるかは不明である．そこで本研究は，両性遺伝（ゲノムワイドSNP）と母系遺伝（mtDNA）のマーカーを用いて遺伝的集団構造を比較することで移動や分散パターンの性差を明らかにすることを目的とした．国内11集団（夏の出産哺育コロニー：6集団，冬眠コロニー：5集団）の計273個体を捕獲し，DNA解析に供した．MIG-seq法を用いたゲノムワイドな一塩基多型（SNP）を取得し，AdmixtureおよびDAPC解析を行った結果，前者はK=1が選ばれ，後者はひとつのまとまったクラスターを形成したことから集団分化はみられなかった．mtDNAを用いた系統解析では２つのクレードに分かれ，一方は北海道で捕獲された個体，もう一方は本州の個体で形成されていた．これらの結果を比較すると，母系遺伝子は北海道または本州内で留まる傾向があるのに対し，核遺伝子では高い遺伝子流動によって集団構造が維持されていた．したがって，オスに偏った分散によって高い遺伝子流動が維持されており，海峡（津軽海峡）を超えて分散していることが示唆された．