モニタリングサイト1000里地調査（以下、里地調査）では、2005～2022年の18年間に全国325か所の里地里山で5700人以上の市民調査員により植物相、鳥類、哺乳類、カエル類、チョウ類、ホタル類の生息状況など9項目について行われ、約298万件のデータが蓄積された。この調査では、4,382種の動植物が記録されたが、その中には環境省のレッドリスト掲載種（以下、レッド種）338種が含まれていた。
　さらに、この調査では在来種で、かつ出現頻度の高い鳥類107種の15％（16種）、チョウ類103種の33％（34種）が年平均3.5％以上の高率で減少していることが示された。またテンやノウサギ、ヘイケボタルなどの減少傾向も明らかになった。減少率の高い鳥類は、オオタカ以外は非レッド種であり、セグロセキレイやアオサギ、ホトトギス、スズメなどの身近な野鳥が含まれていた。チョウ類についても、ギフチョウやオオムラサキなど6種のレッド種を除けば、減少率の高い種の多くは、ゴマダラチョウやイチモンジセセリ、ヒメジャノメ、アカタテハなど里地里山の普通種だった。
　里地調査の各サイトは比較的良好な里地里山だが、この調査で行ったアンケートでは、大部分のサイトから管理不足の二次林や人工林、水田、草地、ため池があると回答があった。その一方で、半数以上のサイトでさまざまな保全活動が実施されていた。またこの調査では、ムラサキツバメなどの南方系のチョウ類やアライグマ、ガビチョウ類、ソウシチョウなどの外来種の分布拡大、ニホンジカやイノシシなどの哺乳類の増加傾向も明らかにされた。とくにニホンジカの過剰採食による里山林の植生への影響が2割以上のサイトで確認されている。
　以上のように、18年間の調査結果により、全国の調査サイトでは市民による活発な保全活動が実施されているにも関わらず、里地里山の荒廃の進行と生物多様性の損失は止まっていないことが明らかになった。