生物多様性は三つのレベル、種・遺伝子・生態系（景観）から成り（プリマック 1997）、分類する際も要である。水田生物多様性は、後背生態系の里山を舞台に、食農システムの文化・社会インフラの時・空間であり、水田研究の歴史も永い。
1) 明治以降から戦前：品種など作物栽培関連、病害虫とその天敵種以外にも線虫等の種記載在り。
2) 終戦後：分類学記載の一方、有機塩素系農薬登場による農薬万能時代到来。農学者の中には効果絶大なる殺虫剤ですべて防除可能、よって分類不要とする見解も。
3) 1970年代：万能主義的な農薬防除に対するリスク評価研究開始。応用昆虫者らが中心になり総合的害虫管理IPM（桐谷・中筋　1977）を提唱。
4) 1980年代：実際的なIPMに向け、農民、市民参加で有機農業とも連動させ行動開始。虫見板による減農薬稲作（宇根・日鷹・赤松 1989）広がる。既存の病害虫防除現場における害虫分類スキルに、天敵とそれ以外の分類群「ただの虫」を加える。生物多様性把握を個体群、群集(日鷹　1990）との関連で、生産者と消費者、生協らと技術者、研究者ら多様なステークホルダーによる地域のフードシステム再構築。日本のアグロエコロジーの先駆的事例（グリースマン 2024）。
5) 2000年以降：土地改良の環境配慮の一方で浸透移行性農薬普及。生物モニタリング事業開始の傍ら、外来種増加。経済的被害許容密度を超えたら防除のIPMの行動規範は破綻。
　現況の「サイレントな里山」に対して、水田と里山の生物多様性の再生には、農と里山の生物モニタリングと在来知に基く管理が肝要。またアグロエコロジーでは食農と密接に結ぶ生物多様性をAgrobiodiversity（農生物多様性）と呼び、農業依存性（日鷹・嶺田ら 2006）や在来食はその事例である。そこで農薬と水田生物多様性の相互関係の解析（SSD：種の感受性分析）の基礎的研究から、今後の市民参加行動型研究は、生物多様性の三つレベルでの分類を創発、相乗を柱に総合的に発展させることが望まれる。