ジャワマングースは1910年に沖縄本島に導入され， 1979年頃に奄美大島に導入された．一方，鹿児島市においても20〜30年ほど前から定着していることが昨年（2009年）判明した．外来生物法（2005年施行）で特定外来生物に指定された本種の根絶計画は，2005年から沖縄島北部地域と奄美大島で開始された．計画目標として，在来種や生態系保護を目的に2014年までの10年間に生息地からの完全排除（根絶）を掲げている．奄美大島の例では，雇用従事者（マングースバスターズ）37名，探索犬3頭，捕殺トラップと生捕トラップ（希少種生息地で使用）で年間最大190万ワナ日が実施されている（2008年度実績）．1993年の有害捕獲開始からの総捕獲数は3万頭，またこの5年間（2005-2009年）では7,400頭に達した．近年，分布の北部で捕獲成果の見られない地域がでてくるなど，分布縮小させていると考える．今後は，低密度で生残する個体の除去のため，高い捕獲圧（200万ワナ日）を効果的に配分し，生息数の低減化，分布域の縮小，地域的根絶の実現を目標としている．このため，探索犬，毒餌やモニタリング技術開発，数理生態学的手法による根絶予測などの利用を進めている．この５年間で，防除戦略と集約的な捕獲作業が展開されてきたと評価できる．しかし，今後の目標達成を図るためには，一層の技術発展と綿密な作業が求められる．技術開発では，在来種の混獲を防ぐ方法，薬物の使用，発見感度の向上，発見後の捕獲方法や，捕獲とモニタリングの努力量配分の最適化などが必要である．ハブ対策として不用意に導入された本種であるが，この事例からも，外来種対策は根絶に多大の努力を要するため，導入阻止や早期対策の必要なことを示している．