環境DNA手法は、簡便な生物分布モニタリング法として注目されている。その名の通りDNA情報を利用するため、見た目では区別のつきにくい隠蔽種の把握には、とりわけ力を発揮すると期待される。そこで我々は、環境DNAを用い、遺伝的に非常に近縁である同種内外来種の侵入を迅速に把握する方法の開発と検討を行った。同種内外来種としては、日本全国の湖沼・河川に広く侵入しているユーラシア大陸原産のコイ（Cyprinus carpio）を用いた。まず、既知のミトコンドリアDNAのD-loop領域の全ハプロタイプの塩基配列情報から、外来系統コイと在来系統コイ間の一塩基多型を探索し、多型部分をRNAとするDNA-RNA-DNAプローブを設計した。この２種のプローブを異なる蛍光物質で標識し、RNA分解酵素を含んだリアルタイムPCRを行なうことで、同一プライマーセットを用い、２種のDNA比を定量することに成功した。続いて、外来系統コイと在来系統コイのバイオマス比を変えた水槽実験を行い、飼育水から抽出した環境DNAに本手法を適用したところ、外来系統コイと在来系統コイのバイオマス比を正しく推定することができた。したがって本手法は、地域個体群における外来系統コイの侵入規模を迅速に推定する手段として有効となると考えられる。本発表では、同手法を用いて様々な水域における外来系統コイの侵入状況を推定した結果についても報告する。