淡水魚のヌマムツCandidia sieboldiiとカワムツC. temminckii（コイ科）は，従来カワムツA，B型として扱われてきたが，2003年に別種とされた．ヌマムツは日本固有種で10府県においてレッドリスト種として扱われる一方，カワムツはアジアに広く分布する普通種である．本研究では異なる分布パターンをもつ近縁2種について，遺伝的集団構造を調査した．

静岡県以西の本州，四国，九州北部の河川で採集を行い，30カ所330個体のヌマムツ，37カ所107個体のカワムツを遺伝子解析に供した．ミトコンドリアDNAのcyt b領域（1,152bp）を決定して系統樹を作成したところ，ヌマムツはⅰ：東海，ⅱ：近畿・中国・四国・九州北東部，ⅲ：九州北西部，カワムツはⅠ：東海，Ⅱ：近畿，中国・四国の一部，Ⅲ：中国・四国・九州の3系統が確認され，系統ⅰ-ⅱ間とⅠ-Ⅱ間の地理的な境界は一致した．しかし，これらの塩基配列の相違はヌマムツが平均0.72%に対して，カワムツは7.12%と約10倍であった．この結果にコイ科の分子時計（1.52%/Myr）を用いて各系統の分岐年代を推定した．ヌマムツの系統ⅰ-ⅱ間の分岐年代は30～70万年前と推定されて，境界とする鈴鹿山脈（100～150万年前に隆起）が隆起した年代と比較的近かったが，カワムツは435～490万年前と大きくはずれていた．またヌマムツの系統ⅱ-ⅲ間は三郡山地（50万年前に分断）を境界としており，分岐年代は55～100万年前と推定されたため，概ね一致した．これらのことから，ヌマムツは従来，西日本に広く分布したが，分断により3系統が分化したと考えられる．一方，カワムツ3系統の分布成立過程は不明であり，今後は近縁種や大陸側の遺伝子情報も含めた分析が必要である．