タカクマヒキオコシ群（シソ科ヤマハッカ属）は秋に筒状の花を咲かせる。日本海側の低標高集団では花筒が長く，太平洋側の高標高集団では花筒が短くなるという地理的な変異が見られる。この地理的変異が起こる要因として（1）局所的な自然選択による側所的な分化，（2）異所的に分化していた集団の二次的な接触，の二つが考えられる。タカクマヒキオコシ群は標高によって送粉者相が異なり，それに伴う送粉効果の違いが花筒の長さに対する選択圧になっていると予想されるので，これまでの研究は（1）の観点から検証されてきた。しかし先行研究では、送粉者の違いによる送粉効果の違いは検出されていない。そこで本研究では，遺伝子マーカーを用いて（2）の要因を検討することを目的とした。

異なる標高に生育するタカクマヒキオコシ群17集団から葉を採集し，11個のマイクロサテライトマーカーを使用して集団遺伝学的解析を行った。STRUCTURE による集団クラスタリングの結果，調査地域のタカクマヒキオコシ群は遺伝的に二つの分集団に由来すると推定され，異所的に生育していた集団が二次的に接触し，交雑または戻し交雑を行っている可能性が示唆された。遺伝的変異から交雑指数（hybrid index）を算出し，花筒長変異が交雑指数および標高によって説明されるかどうか，重回帰分析を行った。その結果，交雑指数は花筒長変異をよく説明し，二つの遺伝的な分集団の交雑割合の違いが花筒長の変異をもたらしていることが示唆された。また17集団間の遺伝的分化（F_ST）が大きくなかったこと，AMOVAでは集団間の変異よりも個体に起因する変異の方が圧倒的に大きかったことから，集団間で積極的な遺伝子流動が起こっている可能性が推測された。