アマミノクロウサギは奄美大島・徳之島にのみ生息する固有種である。外来捕食種のマングースにより、１９９０年代中盤に急激に生息数が減少したことが明らかになった（山田　２０１５）。しかし、２００５年に施行された外来生物法によりマングースの防除事業が本格的に開始され、マングースは劇的に減少し、アマミノクロウサギの生息数が回復してきた（山田　２０１５）。本研究では近年のアマミノクロウサギの系統を調べることを目的としてミトコンドリアＤＮＡのシトクロムｂ遺伝子領域（１１４０ｂｐ）とコントロール領域（６３０ｂｐ）２つの領域を対象に実験を行った。ＤＮＡは交通事故などで死亡した６９個体（奄美大島：６９個体、徳之島：２個体）の筋組織より抽出した（２００８年１０月～２０１５年２月）。コントロール領域はＲｏｎｇら（２００３）の２本のプライマーを用いて増幅した。シトクロムｂ遺伝子領域はＩｒｗｉｎら（１９９１）の２本のプライマー並びにNCBIに登録されている塩基配列（ＡＹ２９２７２０)を基に設計した４本のプライマーを使用して増幅した。ＭＥＧＡ６．０３により配列の整列、ハプロタイプを構成した。Ｎｅｔｗｏｒｋ５．０を使用してハプロタイプネットワークを作成した。コントロール領域では２１個の塩基置換、１０個のハプロタイプが検出された。シトクロムｂ遺伝子領域では８個の塩基置換、７個のハプロタイプが検出された。ハプロタイプネットワークにおいて両ＤＮＡ領域両方で、徳之島のハプロタイプが奄美大島のハプロタイプから分岐している結果となった。それぞれのネットワークではコントロール領域では奄美大島内に３個の集団が存在していると考察した。シトクロムｂ遺伝子領域ではネットワークが星状型であることから中心のハプロタイプが祖先であると考察した。ネットワークの構造が異なるのは両ＤＮＡ領域の塩基置換速度の違いを反映しているものと考察した。