野外から採取した試料水に含まれる環境DNAを分析することで、高精度に生物の検出等ができる技術として、環境DNA分析の利用が増えつつある。現在の環境DNA分析において広く利用されているのはリアルタイムPCRだが、新たな分析手法としてデジタルPCRの導入が検討され始めている。デジタルPCRはリアルタイムPCRに比べ、DNAの定量精度や検出感度が高く、PCR阻害物質にも耐性がある手法であるとされているが、PCR反応に影響を及ぼしうる様々な物質が含まれている野外水由来の試料を扱う環境DNA分析では、デジタルPCRのこうした特性は有用であると考えられる。本研究では、PCRによる分析時に生じる測定値のばらつきへの野外水由来の物質の効果について、リアルタイムPCRとデジタルPCRで比較を行った。亀岡市内のため池から採水して得た環境DNAサンプルに、採水地にはいない海産魚であるスズキの抽出DNAを添加した試料と、環境水ではなく超純水を濾過して同じ手順で得た抽出DNA溶液 (Reference buffer; 以後Ref buffer) に同じくスズキのDNAを添加した試料を作成した。環境DNA試料とRef bufferで調製した試料の違いは、濾過した試料水が野外水か超純水かという点のみである。リアルタイムPCRの分析結果において、環境DNAを用いて作成した試料の方が、Ref bufferを用いて作成した試料に比べ、スズキのDNAの定量値が有意に高かった。一方、デジタルPCRでは、試料間で定量値に有意な差はなかった。本研究より、デジタルPCRは環境DNA分析においても試料に含まれるDNA以外の物質の影響を受けにくい分析手法であるといえ、阻害物質などが多く含まれる環境DNA分析において、より高い精度での測定を可能にする有効な分析手法であると考えられた。