岐阜県を流れる長良川と揖斐川に生息する両側回遊性のアユ，小卵型カジカ，降下回遊性のアユカケは，河川と海を往来する特殊な生活史を持つ。しかし，大河川の激流中に生息するため，その生態調査には多大な時間と労力を要する。近年，迅速かつ効率的な生物調査技術として，水中や土壌に存在する生物のDNA断片を分析する環境DNA技術が注目されている。そこで，この環境DNAを用いて河川回遊魚の生活史や資源量を把握することを目指した。2017年7月から約1ヶ月ごとに長良川9地点（河口から110㎞まで）と揖斐川6地点（河口から85㎞まで），合流点（河口）1地点で水1Ｌを採取し，ろ過，DNA抽出を行った。7，9，10，11月のサンプルについて，アユ環境DNAの定量解析を行った。カジカ属の小卵型カジカ，大卵型カジカのmtDNA cyt b領域，同属のアユカケのmtDNA cyt b領域と12s rRNA領域についてプライマーを作成し，DNA増幅の確認を行った。アユの定量解析の結果，7月に上流から中流まで広域でDNAが検出された。9月に中流域でDNA量が著しく上昇した。10，11月に上流域でDNA量が減少し，下流域，河口でDNAが検出された。これらの結果はアユの生活史において，成魚が6～8月に上流域，中流域で生活し，9月に産卵に向け中流域下部の産卵場に集まり，孵化した稚魚が10，11月に海へ下るという行動から予測される環境DNAの増幅パターンと一致した。さらに，長良川，揖斐川は他の河川の研究と比較して，アユの環境DNA量が非常に多いことが分かった。この結果は，2河川のアユの資源量が多いことを反映していると考えられる。カジカ属プライマーの増幅確認の結果，アユカケのDNA増幅は確認できず，小卵型カジカ，大卵型カジカのDNA増幅を確認した。今後も採水を継続し，環境DNAを用いてアユの一年を通した生活史を探りたい。そして，カジカ属における環境DNAの調査手法を開発し，アユと同様に，産卵へ向けた移動や遡上の状況を探りたい。