特別栽培や有機栽培などの環境保全型農業は、実際に水田の生物多様性の保全にどれだけ貢献しているのだろうか？個々の知見は蓄積されつつあるが、その効果の一般性を知るためには、全国規模の野外調査を行う必要がある。そこで本研究は、全国６地域（山形・石川・茨城/栃木・滋賀・兵庫・福岡）の慣行栽培水田と特別・有機栽培水田における複数生物種群の種数・個体数を比較することで、特別・有機栽培の保全効果を検証した。また農法の聞き取り調査を実施し、具体的にどの農法が影響しているのかを調べた。
調査は、2013-2015年の三年間行った。解析には、一般化線形混合モデルを用いた。目的変数として各種群の種数（植物全種、植物希少種、水鳥、陸鳥）または個体数（アシナガグモ属、アカネ属、コウチュウ目幼虫、ダルマガエル、アマガエル、ドジョウ、水鳥、陸鳥）を用いた。説明変数として、（１）栽培方法（慣行、特栽、有機）、（２）各農法（農薬の有効成分数・急性毒性、化学肥料の投入量、畦の刈り取り回数・草丈など）を用いた。
慣行栽培と比較して、有機栽培では植物、アシナガグモ属、アカネ属、ダルマガエル、ドジョウが多かった。特別栽培は、有機栽培ほどではないが植物、アシナガグモ属、アカネ属が多かった。また種群ごとに異なる農法から影響を受けていることが分かった：植物は除草剤の急性毒性、アシナガグモは箱剤施用の有無と冬期湛水、アカネ属は箱剤の毒性と輪作、コウチュウ目は冬期湛水、ダルマガエル・アマガエルは畦の草管理、ドジョウは輪作。一方、鳥類は農法の影響がみられなかった。本研究は特別・有機栽培の一般的な保全効果とその仕組みを全国規模で検証した稀有な事例であり、環境保全型農業直接支払いの根拠や、今後の改良のための知見として活用できる。なお、本研究は農林水産省委託プロジェクト研究「生物多様性を活用した安定的農業生産技術の開発」の成果である。