ウイルスは宿主へ感染することによって生態系に影響を与えると考えられている。例えば海洋ではウイルスの感染による宿主の溶解が生態系へと大きな影響を及ぼすことが知られている。このように生態系の理解にはウイルスの多様性とその役割の解明が必須である。しかしウイルスの研究は主にヒトや家畜、作物に病気を起こす病原体を中心になされてきたため、ウイルスの多様性は十分に理解されていない。
　近年、様々な手法により環境や生物からウイルス（様）核酸の検出が試みられている。中でもディープシーケンシングは極めて強力なウイルス探索法であり、膨大な数の新規ウイルス（様配列）が次々と検出されている。さらに生物のゲノム配列から古代のウイルスについても知ることができる。「内在性ウイルス様エレメント」は真核生物のゲノムに存在するウイルス由来の遺伝子配列の総称であり、内在性ウイルス様エレメントの探索・解析により太古のウイルスの宿主、年代、遺伝子配列などの情報を得ることができる。これらを組み合わせることにより、現代のウイルスのみならず、数千万年にわたる太古のウイルスの多様性を知ることができる。
　我々はこれまでにディープシーケンシングおよびゲノムデータを活用し、多数の新規RNAウイルス様配列を発見した。さらに一部の発見したウイルスについては分離に成功した。これらの成果はウイルスの多様性の理解において大きく貢献するとともに、今後のウイルス生態学における礎となる。本発表では上記の成果を紹介するとともに今後の方向性について議論したい。