日本生態学会誌執筆要領
原稿の作成
すべての記事は日本語で書く。用語も可能な限り日本語を使用し、必要があれば英語などを併記する。原稿は、A4版の用紙に12ポイント程度の文字、各ページは25行程度とし、上下左右に3 cm程度の余白を設け、全体を通して行番号とページ番号を付ける。句読点は「。」「、」を用いる。執筆には、編集委員会が提供する原稿雛形を用いることが望ましい。
原稿の構成
原著論文と総説論文の原稿は、表題（日本語と英語）、簡略表題（日本語20字以内）、著者の氏名・所属（日本語と英語）、連絡著者の氏名とメールアドレス、必要なら特集または連載の名称（日本語と英語）、要旨（日本語600字以内と英語300語以内）、キーワード（内容を適切に表す5つ以内の日本語と英語の語句）、本文、および必要なら続けて、謝辞、引用文献、図の説明、付録の説明、表、図、付録の順で構成する。付録はオンラインで電子ファイルとしてのみ公開する。学術情報の原稿は、原著論文と総説論文の原稿の構成から英語の要旨と英語のキーワードを省略する。コメントの原稿は、原著論文と総説論文の原稿の構成から、要旨（日本語と英語）とキーワード（日本語と英語）を省略する。
生物名・単位
生物名は、基本的に和名（カタカナ）を用い、本文の初出で学名（イタリック表記）と命名者名を記す。なお、命名者名は、動物の学名の場合と多数の学名を列挙する場合は省略することができる。単位は、MKS単位系を用いる。
引用
引用は半角括弧で閉じる。著者が3名以上の場合は、第二著者以降について、和文では「ほか」、英文では「et al.」とする。まとめて引用する文献は、セミコロンで区切り、出版年の古い順とする。著者と出版年が同じ文献は、出版年の後にアルファベットを付して区別する。著者が3名以上で第一著者と出版年が同じ文献についても同様に区別する。
保全生態学研究の原稿チェックリスト付録「引用文献の記載例」を参考にする。
ウェブサイトは、引用に適した文献がない場合に引用できる。発行者と発行年が判明しており、PDFファイルのように原則として逐次更新されていないウェブサイトは、文献の引用と同様に引用する。発行年が不明の場合や逐次更新されている場合は、本文中にURLと最終確認年月日を記述する。なお、発行者が不明の場合は、原則として引用を避ける。
国会議事録などを引用する場合は、引用文献に含めず、本文中に発言者、本会議または委員会名と開催年月日、必要ならば議事案件について記す（例：○○議員、衆議院環境委員会2004年2月23日、環境保全の基本的施策に関する件）。新聞記事などを引用する場合も、引用文献に含めず、本文中に確認した記事の記者名または匿名、新聞社名および支社名、記事名、日付について記す（例：匿名、読売新聞北海道支社朝刊「ボランティアがハチ退治」2004年5月14日）。
○文献の例- 松谷・森(1950)はウスカワマイマイが……
- ……自律型の活動と考えられる(恩藤 1952, 1953a,b; Sato 1970; Smith et al. 1971; Tanaka 印刷中)。
- ……の研究がおこなわれてきた(西村2008; Sugiyama and Hayashi 2001; 田中ほか 印刷中; Yamada et al. 2005a, 2005b, 2006)。
- 災害リスクの軽減に対する生態系の役割の重要性が指摘されている(生物多様性JAPAN 2013)。
- 学名はYList(米倉・梶田「BG Plants 和名−学名インデックス」http://bean.bio.chiba-u.jp/bgplants/ylist_main.html 最終確認日2014年12月24日)にしたがった。
引用文献
本文中に引用された文献に限り、かつ引用された文献すべてを引用文献に記す。文献は、言語にかかわらずアルファベット順に配列し、同じ著者の文献が複数ある場合には出版年の古い順に配列する。出版年が同一の同じ著者の文献は、年の後にアルファベットを付して区別する。雑誌名は省略しない。
○ 雑誌からの引用
＜著者名 (発行年) 表題. 雑誌名, 巻:初頁-終頁＞あるいは＜著者名 (発行年) 表題. 雑誌名, 巻:初頁-終頁. URL形式のDOI＞
著者名は姓が先、名を後とし、間に半角スペースを入れる。著者名間は半角コンマとスペースで区切る。
例）
Green JL, Plotkin JB (2007) A statistical theory for sampling species abundances. Ecology Letters, 10:1037-1045
岡崎 純子, 板本 瑶子 (2009) 大阪教育大学柏原キャンパスの植物相とその変化. 大阪教育大学紀要 III, 58:15-35
Yamada T, Ngakan OP, Suzuki E (2005a) Differences in growth trajectory and strategy of two sympatric congeneric species in an Indonesian flood-plain forest. American Journal of Botany, 92:45-52
Yamada T, Suzuki E, Yamakura T, Tan S (2005b) Tap-root depth of tropical seedlings in relation to species-specific edaphic preferences. Journal of Tropical Ecology, 21:155-160. https://doi.org/10.1017/S0266467404002238
○ 単行本・報告書の引用
＜著者名 (発行年) 表題. 出版社, 出版社所在地＞
例）
デ クルーン H, フィッサー EJW (編) (2008) 根の生態学 (森田 茂紀, 田島 亮介訳). シュプリンガー・ジャパン, 東京
環境省自然環境局生物多様性センター (2004) 第6回自然環境保全基礎調査 生物多様性調査 鳥類繁殖分布調査報告書. 生物多様性センター, 富士吉田
Roger C, Calvin D, Richard L (2008) Dispersal in Plants. Oxford University Press, Oxford
山田 剛史, 杉澤 武俊, 村井 潤一郎 (2008) Rによるやさしい統計学. オーム社, 東京
○ 単行本から一部を引用
＜著者名 (発行年) 表題. （編者名） 書籍表題, 初頁-終頁. 出版社, 出版社所在地＞
＜Author (year) Title. In: Editor of book (ed), Book title, first page-end page. Publisher, City＞
例）
鷲谷 いづみ, 村上 興正 (2002) 日本における外来種問題.（日本生態学会 編）外来種ハンドブック, 6-8. 地人書館, 東京
Maun MA (2004) Burial of plants as selective force in sand dunes. In: Martinez ML, Psuty NP (eds), Coastal Dunes Ecology and Conservation, 119-135. Springer, Berlin
○ ウェブサイトの引用
＜作成者 (発行年) ウェブサイトの名称. URL, 確認日＞
ウェブサイトの名称や発行年が不明な場合は省略してもよい。
例）
生物多様性JAPAN (2013) IUCN 減災（災害リスク軽減）のための環境の手引き. http://www.bdnj.org/pdf/140509.pdf, 2014年12月25日確認
Society for Ecological Restoration (2004) SER International Primer on Ecological Restoration, version 2. http://www.ser.org/resources/resources-detail-view/ser-international-primer-on-ecological-restoration, 2015年2月15日確認
｢印刷中｣（in press）という用語は、その論文が受理されている場合にのみ使用し、未受理の場合には、本文中で「未発表」と記し、引用文献リストには含めない。印刷中の文献は、刊行年が確定か未定かによって、それぞれ以下のように示す。
例）
大串隆之 (2005) 生物多様性の総合理論. 日本生態学会誌 (印刷中)
大串隆之 (印刷中) 生物多様性の総合理論. 日本生態学会誌
表
それぞれの表は別ページに記入する。各表は、原則として1ページに印刷できる大きさとする。1ページを超える大きさの表は付録にする。表の説明は、その上部にまず「表1．」のように書き、ついで表題を示し、本文を読まなくとも理解できる程度に説明を加える（必要ならば英語で併記する）。校正刷りの制作のために、csv、txt、xlsxなどの形式のファイルの提出を求めることがある。
図
それぞれの図（写真などの画像を含む）は、別ページに鮮明に描き、十分な解像度のpdf、jpeg、tiff、pngなどの形式のファイルを提出する。上端欄外に、図の番号を示す。図の説明は、図とは別のページにまとめて書く。図の説明は、まず「図1．」のように書き、ついで表題を示し、本文を読まなくとも理解できる程度に説明を加える（必要ならば英語で併記する）。図の作画者や写真の撮影者が著者と異なる場合は、説明にそのことを明記し、また必要な場合は、著者があらかじめ著作権者の許可を得る。冊子版のカラー印刷に伴う費用は著者負担とする。
付録
ファイルとしてダウンロード可能な付録を置くことができる。付録としては表や図のほか、数式の説明、調査データ、GISファイル、音声や動画などを提供可能である。ファイルサイズの上限はJ-Stageの制限による。付録はJ-Stageに論文PDFとともに置くほか、他のサーバーに置いてリンクすることができる。本文中の引用名および付録の名称は「付録n」（nは1から始まる連番）のように付録番号をつける。ただし，ひとつの付録ファイルに図や表が複数入っている場合は「付録2 図1」や「付録2 表3」などとして本文から引用し、付録ファイル内においても同じく「付録2 図1」などの名称を用いる。
引用文献リストの後に、付録のリストを配置する。付録のリストは、まず「付録1 表1．」のように書き、ついで表題を挙げたのち、改行せずに説明を加える。資料の説明文は、ファイルの内容の簡単な紹介のほか、調査データのファイルにおいては書式等の情報を記述する。投稿時点で決定されていればURL等のネットワーク上のアドレスを記載する。
印刷所では付録ファイルの内部をレイアウトしないため、雑誌のレイアウトに準じて著者がレイアウトを行う。たとえば付録内の図の説明文は図の下に、表の説明文は表の上にレイアウトする。