オスとメスの形質を支配する遺伝子の大部分は共通である。しかし、形質の中には一方の性が持つと適応度上有利であるが、もう一方の性が持つと不利なものがある。このような形質に作用する選択は、オスとメスとで相反し、各性の最適な形質の進化を妨げる。この状況は遺伝子座内性的対立と呼ばれる。

性的対立にはもう一つ、遺伝子座間性的対立と呼ばれるものがある。たとえば、交尾するかしないかをめぐって起こるオスとメスの利害の対立である。この型の対立が進化に重要な役割を果たすという考え方は、広く受け入れられている。それに比べて、遺伝子座内性的対立はあまり注目を浴びてこなかった。その大きな理由は、形質が一方の性だけに発達すれば、他方の性は影響を受けない、ゆえに対立は生じないと考えられることである。性限定的な形質の発現は広く見られる。クジャクの尾羽やシカやカブトムシの角のようなオスの誇張形質はその代表例である。これらのことから、遺伝子座内性的対立は、起こったとしても一時的なものに過ぎず、容易に解消されると認識されている。

しかしこの数年間、さまざまな動物で遺伝子座内性的対立の存在を示す証拠が検出されている。甲虫の1種では、オス限定の誇張形質を大きくするように実験的に進化させることによって、メスの産卵数の減少が観察された。このことは、誇張形質の性限定的発達が対立を解消するという想定に反する。ここで注目すべきは、形質間の遺伝相関である。オスの誇張形質が他形質と遺伝的につながっていれば、誇張形質の進化は他形質の変化を伴う。他形質の変化はオス同様にメスにも現れ、適応度を減少させる可能性がある。近年の知見は、遺伝子座内対立が適応進化に及ぼす影響は今までに考えられているよりも大きいということを示唆している。